Du har förstås kollat alla kablar och kontaktdon som har med tändningen att göra (inget avbrott, sönderärgat eller sönderskavt)? Ohmmätt och kollat att tändningslåset beter sig som det ska?
Skador på någon spole på tändplattan skulle också kunna ge mystiska symptom, vanlig orsak till det är om fjädrar och smådelar har kommit in under svänghjulet vid något startapparathaveri.
En annan möjlighet: sitter det någon induktiv givare i svänghjulskåpan? I så fall kan det ju vara fel på den, eller helt enkelt att metallspån mm har fastnat på spetsen av den.
Prova i så fall att koppla bort givaren och se om du fortfarande får två gnistor utan den...